一、辦學理念
（一）秉持「全人教育」的宏觀理念
（二）以培訓國家需求之現代化軍醫
（三）符合世界潮流之健康照護人才
二、發展願景
（一）具社會關懷之現代軍醫及健康照護人才培育搖籃
（二）具國際聲譽之軍事醫學研究發展中心
（三）培育具國際競爭力之生醫科技研發人才
三、教育使命與目標
（一）教育使命
1. 大學部：依據國防需要，負責培育國軍醫療保健之預防醫學與臨床醫學專業人才，並研發以軍陣醫學為主之基礎及臨床醫學先進科技。另結合全民國防及配合國家教育政策，代訓自費生，充實國家醫護人力。
2. 碩士班：培養、啟蒙高素質之生物醫學研究人才，以提高學術水準與醫療服務品質。
3. 博士班：培養高階生物醫學科技之研究發展人才及專業師資。
（二）教育目標
1. 大學部：培育忠誠愛國、允文允武、術德兼備、體格強健、並具有人文關懷及高度專業素養之現代化軍醫。
2. 碩士班：以培育系統性之科學思維及研究精神為重點，儲備專業的生物醫學研發人才。
3. 博士班：以創新生物醫學之學識理論為重點，培養生物醫學研究發展之高階人才及專業師資。
貳、自我定位與發展策略
一、自我定位
本校依國防部「為用而育」政策，以培養國家與國軍健康照護及衛生勤務等領導人才為宗旨，學校自我定位為「具有軍事醫學特色的健康科學大學」，為兼具教學、研究、服務及訓練功能之軍醫學府。與一般醫學校院不同的是，除了軍事醫學特色外，本校還兼具訓練任務，藉平日生活管理、學生榮譽制度及暑期軍事訓練等作為，培育學生具備基本之軍醫素養。本校近年來配合國防部政策指導，開辦緊急醫療中級救護技術員（EMT-2）及高級救護技術員（EMT-P）等訓練班，以提升基層緊急醫療救護專業技術及戰場醫療救護作為等效能。
二、發展策略
本校過去五年積極推動教學創新與行政革新，在經過校務評鑑、系所評鑑與醫學院評鑑（TMAC）的試煉後，學校校務不斷精進，並朝卓越及永續發展方向邁進。本校傳統且優良的辦學理念基礎下，將持續發揚國醫特色，並藉完善之績效管理模式，塑造優質的學習與研究環境，培育符合教育目標的優質學生，朝學校發展願景而努力。因此，本校112至116年校務發展計畫所訂定之五大發展策略與執行計畫詳如下表所示：